Myšlenka založení umělecké akademie v Praze se objevila již v období vrcholného baroka, kdy o její zřízení neúspěšně usilovala v letech 1709-11 skupina pražských umělců. Teprve na konci století, v atmosféře osvícenské podpory umění a vzdělanosti došlo v roce 1796 k ustavení společnosti vlasteneckých přátel umění, která nejprve zakládá Obrazárnu s kopistickou školou (z které se později vyvinula dnešní Národní galerie v Praze) a brzy na to i kreslířskou akademii. Ta byla zřízena císařským dekretem z 10. září 1799 a svoji činnost zahájila roku 1800 jako nejstarší umělecká škola v českých zemích. Její profil se brzy rozšířil o školu krajinné malby a grafickou dílnu. Od poloviny století se výuka na Akademii obohatila o přednášky z teoretických předmětů a přechodně i o výuku architektury. K zásadní reformě instituce došlo zásluhou Julia Mařáka, který inicioval významné posílení profesorského sboru o osobnosti typu Vojtěcha Hynaise a Václava Brožíka, zřídil první sochařskou školu vedenou Josefem Myslbekem a posléze dosáhl v roce 1896 zestátnění školy. Spektrum výuky rozšířily v roce 1910 grafická škola Maxe Švabinského a architektonická speciálka Jana Kotěry. V té době již Akademie natrvalo zakotvila po letech provizorií v nové budově na Letné, vybudované podle projektu architekta Václava Roštlapila v letech 1897 - 1903, jejíž generální rekonstrukce byla dokončena v roce 1998. V jejím sousedství vznikla podle projektu Jana Kotěry a Josefa Gočára v letech 1922 - 24 budova školy architektury. Již od roku 1892 a trvale potom od roku 1945 získala Akademie pro své potřeby i prostory budovy tzv. Moderní galerie, vybudované v areálu výstaviště v rámci Zemské jubilejní výstavy v roce 1891 architektem Antonínem Wiehlem. V roce 1926 získala Akademie jako první v Československu statut vysoké umělecké školy. V roce 1945 založil Bohuslav Slánský při Akademii školu restaurování malířských výtvarných děl.
Zásadní reformy, připravované a neuskutečněné v roce 1968, se Akademie dočkala až roku 1990, kdy byla pod vedením nově zvoleného rektora Milana Knížáka zcela proměněna její koncepce, struktura i pedagogický sbor.
Spektrum výuky bylo rozšířeno o nové ateliéry jako např. intermediální, konceptuální, socha-instalace, kresba. Přitom byla důsledně zachována i posílena existence klasicky orientovaných ateliérů a respektována nutnost zachování nabídky zahrnující přístupy jak tradiční, tak i experimentální. Na této totální diferenciaci názorů a podpoře co nejširšího spektra uvažovaných uměleckých prostředků vznikla obrozená Akademie, jejíž principy uvedl do praxe zcela nově konstituovaný pedagogický sbor, který tvořil např. Karel Malich, Stanislav Kolíbal, Hugo Demartini, Ladislav Čepelák či Bedřich Dlouhý. V roce 1990 vznikla škola restaurování výtvarných děl sochařských a konečně roku 1991 nejmladší škola nových médií orientovaná především na videoart a computerovou animaci. Další změny přirozeně nastaly proměnami pedagogického sboru např. vznikem ateliéru monumentální tvorby, ateliéru vizuální komunikace či oddělení medailérské tvorby. Současně došlo k orientaci přednášek z dějin umění a architektury k problematice současné tvorby, k posílení kvalifikovaného sboru externích pedagogů a konzultantů a k rozvoji vědeckých pracovišť v oborech teorie umění a restaurování výtvarných děl. Na těchto základech položených reformou v roce 1990 staví Akademie i dnes svou strategii a koncepci rozvoje.
